Un'opera voluta dagli uomini e realizzata a misura d'uomo per preservare e risanare il primo bacino di uno tra i più bei laghi del mondo: il Lago di Como.
Il ramo del lago sul quale si affaccia la città di Como è un bacino chiuso, privo di sbocco e dal lento ricambio delle proprie acque. Per contro la rete fognaria della città raccoglie gli scarichi civili e industriali con conseguente aggravio delle condizioni di difficoltà e di compromissione biologica che caratterizzano il bacino stesso. Il protrarsi di questo stato di cose diviene oggetto e fonte di preoccupazione per la comunità che, sensibile ai problemi dell'ambiente, sente la necessità di porvi rimedio.

Se ne fa portavoce, nel 1969, in anticipo quindi sull'emanazione delle norme in materia del 1975 e del 1976, l'Unione Industriali di Como che incarica la Hydrotechnic Corporation di New York di redigere un rapporto sulla depurazione delle acque reflue, civili ed industriali, della città. Tale rapporto, propedeutico alla progettazione di un impianto di depurazione centralizzato, viene sottoposto all'esame del Comune di Como che ne accerta e conferma l'utilità e la validità.

Nasce a questo punto, per la prima volta in Italia, una collaborazione che vede uniti l'industria privata e l'Ente pubblico tesi nel comune intento di operare nel contesto urbano per il bene di tutta la cittadinanza. La felice collaborazione tra il Comune e gli industriali comaschi si concretizza nel 1974 con la fondazione della Comodepur S.p.A., esempio di realizzazione e gestione congiunta di opere a servizio della comunità da parte dell'iniziativa privata e degli Enti pubblici. Nel 1976, il Comune di Como affida in concessione alla Società la costruzione dell'impianto di depurazione e la gestione amministrativa e tecnica del servizio di depurazione degli scarichi civili ed industriali, e la Società, indetta la gara d'appalto, provvede a stipulare con il Consorzio Techint Acqua Como il contratto per la costruzione del depuratore.

A coronamento dello sforzo e dell'impegno che la comunità comasca ha profuso con la ferma volontà di salvaguardare il proprio ambiente per il bene di tutti, già nel 1979 entra felicemente in funzione la prima parte dell'impianto. L'impianto, completato nel 1980, anche a causa della limitata estensione dell'area disponibile in un contesto urbanizzato, richiede l'impiego delle più avanzate tecnologie dell'epoca sia nel campo delle strutture edili sia in quello degli impianti, della strumentazione di controllo e dell'automazione.
Negli anni successivi continua l'attività di collegamento al depuratore dei sistemi fognari dei Comuni limitrofi quali Lipomo, Tavernerio, Brunate, Cernobbio, Maslianico, Blevio, Torno e parte di Grandate che, unitamente al Comune di Como, costituiscono l'attuale comprensorio servito.

Oltre alla gestione ordinaria, la Società ha svolto un ruolo attivo predisponendo studi e progetti finalizzati a garantire che il sistema depurativo si mantenga costantemente in grado di far fronte ad eventuali nuove esigenze del servizio.

Dalle sue origini e fino al 2017 Comodepur ha presentato inoltre un assetto societario innovativo dove alla partecipazione azionaria pubblica di minoranza ha corrisposto una maggioranza in Consiglio di Amministrazione. Tutt'oggi il Presidente è designato direttamente dal Sindaco di Como. Primo Presidente della Società viene eletto nel 1975 l'avv. Lino Gelpi al quale fanno seguito: dal 1983 il comm. Gianluigi Bulgheroni, dal 1987 l'ing. Isidoro Ronzoni, dal 1991 il dott. Giovanni Avallone, dal 1995 l'ing. Manlio Cantaluppi, dal 2002 il rag. Giacomo Bruno, dal 2005 il sig. Andrea Coppa, dal 2011 il dott. Alessandro Colombo, dal 2013 l'ing. Andrea Tagliabue, dal 2014 l'avv. Alberto Grandi e dal 2020 la Dott.ssa Laura Edvige Bordoli. Nel 1975 il Consiglio di Amministrazione nomina altresì quale Amministratore Delegato il sig. Giulio Pelandini  a cui fanno seguito: dal 1980 il dott. Daniele Fontana, dal 1987 il dott. Paolo Caselli, dal 1995 ancora il sig. Giulio Pelandini, dal 1998 il rag. Vincenzo Dellacà, dal 2006 il dott. Gianluca Brenna, dal 2014 il rag. Franco Mieli e dal 2020 l'Avv. Alberto Grandi.

In data 29/12/2020, con atto notarile Notaio Mario Notari in Milano, è stato stipulato l'atto di subentro di COMO ACQUA SRL nella gestione del servizio di collettamento e depurazione in luogo di COMODEPUR SCPA e in data 17/12/2021 l'Assemblea Straordinaria dei Soci ha deliberato la messa in liquidazione della Società.